De enigste manier om vanuit Nederland naar Ecuador te reizen is per vliegtuig. Quito en Guayaquil hebben beide internationale luchthavens met frequente, directe connecties naar Houston, Los Angeles, Miami en New York. Vrijwel alle vluchten vanuit Europa, Australië en Azië gaan via deze steden of via de Cariben. Verschillende Europese luchtvaart maatschappijen, waaronder KLM, voeren vluchten uit op Quito en Guayaquil. Een rechtstreekse vlucht vanaf Schiphol duurt ongeveer 12,5 uur.

Quito's internationale luchthaven ligt ongeveer 10km ten noorden van het stadscentrum. De andere grote luchthaven van Ecuador ligt 5km ten noorden van Guayaquil. Beide zijn goed voorzien van taxi’s en bussen. De grootste internationale luchthaven in de regio is Lima, waardoor het goedkoper is om naar Peru te vliegen en de bus naar Ecuador te nemen.

De grootste nationale luchtvaartmaatschappijen zijn TAME en Icaro, maar er zijn ook kleinere maatschappijen en chartervluchten aanwezig. Vrijwel alle vluchten beginnen of eindigen in Quito of Guayaquil. Ecuador is een klein land, waardoor de meest afgelegen uithoeken in een dag te bereiken zijn. Er zijn vluchten naar twee van de Galápagos eilanden, maar deze zijn duur.