Dagelijks vertrekt van Schiphol een vlucht naar Tallinn. Zowel Kopenhagen, Helsinki, Kiev, Londen, Minsk en Stockholm hebben ook directe vluchten.

De luchthaven van Tallinn is 3km ten zuidoosten van het stadscentrum. Er word geen luchthavenbelasting geheven.

Binnenlandse vluchten zijn duur. Baltic Aeroservis vliegt vanuit Tallinn naar de eilanden Kuressaare en Kärdla, terwijl er chartervluchten zijn tussen Tartu en Tallinn.