Puerto Rico is erg goed bereikbaar vanuit de VS. San Juan is een belangrijke knooppunt voor veel Amerikaanse luchtvaartmaatschappijen. Verschillende maatschappijen uit de VS vliegen tussen Puerto Rico en een flink aantal steden.

Een gemakkelijke en goedkope manier om naar Puerto Rico te reizen is via New York. Vanuit deze stad gaan dagelijks vluchten naar San Juan. Miami heeft ook frequente vluchten. British Airways heeft vluchten vanuit London, Iberia vanuit Madrid en Lufthansa vanuit Frankfurt. Vanaf Puerto Rico kan je ook vluchten boeken naar andere Caribische eilanden, de verbindingen erheen zijn goed. Er zijn ook connecties naar Zuid- en Midden Amerika.

De nationale luchthaven San Juan's Luis Muñoz Marín ligt aan de oostkant van de stad. In Puerto Rico zelf vind je een groot aantal kleinere vluchthavens. De binnenlandse vluchten zijn redelijk verzorgd. De vliegvelden van Ponce en Mayaguez zijn zelfs modern te noemen ondanks hun geringe grootte. Er is een luchthavenbelasting van US$5, die meestal in de prijs van het ticket inbegrepen zit.